Hugo Pratt è nato il 15 giugno del 1927, a Rimini, ma ha vissuto tutta la sua infanzia a Venezia in un ambiente familiare cosmopolita.
Il nonno paterno, Joseph, è di origini inglesi, mentre quello materno è un ebreo marrano, la nonna è di origine turca.
In questo incontro di razze, di credenze e di culture che si mescolano in continuazione, la madre, Evelina Genero, è un'appassionata di scienze esoteriche, dalla cabala alla cartomanzia, mentre il padre, Rolando, è un uomo del suo tempo, un militare di carriera che nel 1936 viene trasferito nella colonia italiana dell'Abissinia.
Inizia così per Hugo Pratt la giovinezza africana.
Arruolato dal padre nella polizia coloniale a soli quattordici anni, entra in contatto con il mondo militare allora presente in Abissinia, conosce non solo l'esercito italiano, ma anche quello inglese, l'abissino, il senegalese, il francese; il fascino di tutte quelle divise, di quegli stemmi, dei colori, di quei volti, rimarrà sempre presente in tutta la sua vita e nella sua opera. Allo stesso tempo, però, fa amicizia con i ragazzi abissini della sua età, grazie ai quali impara la lingua locale, riuscendo a integrarsi in un mondo che solitamente rimaneva estraneo ai colonizzatori.
Sono questi gli anni in cui si appassiona al romanzo d'avventura.
Legge avidamente i libri di James Oliver Curwood, Zane Gray, Kenneth Roberts. Scopre anche i primi fumetti di avventura americani.
In particolar modo, sarà la lettura di "Terry e i pirati" di Milton Caniff ad affascinarlo al punto che, fin da ragazzino, decide di diventare un disegnatore di fumetti.
Tornato in Italia alla morte del padre nel 1943, frequenta il collegio militare di Città di Castello e grazie alla buona padronanza della lingua inglese, nel 1944 diventa interprete dell'esercito alleato col quale rimane fino alla fine della guerra.
A Venezia, nel 1945, Hugo Pratt partecipa, insieme con un gruppo di amici, alla realizzazione di una rivista di fumetti, l'Asso di Picche.
In questo momento inizia ufficialmente la sua carriera di disegnatore.
Sarà grazie a questa rivista che il 'gruppo di Venezia' verrà contattato da un'importante casa editrice argentina: Hugo Pratt parte così per Buenos Aires nel 1949 rimanendovi per circa tredici anni.

In Argentina incontra diversi disegnatori come Salinas o i fratelli Del Castillo, frequenta i locali dove si balla il tango, diventa amico del jazzista Dizzy Gillespie, impara lo spagnolo e scopre gli scrittori latino-americani, come Octavio Paz, Leopoldo Lugones, Jorge Luis Borges e Roberto Arlt.
In campo sentimentale, sono tre le donne che segnano questo periodo della sua vita: la prima, Gucky Wogerer, iugoslava, che sposa a Venezia nel 1953 e dalla quale avrà due figli, Lucas e Marina.
Gisela Dester, di origine tedesca, che diventa sua assistente e quindi sua compagna, e infine Anna Frogner, di origine belga, che da ragazzina gli aveva ispirato il personaggio di "Anna nella jungla".
Dalla loro unione nasceranno due figli, Silvina e Jonas.
In Argentina Hugo Pratt disegna un numero impressionante di strisce.
Lavora per le Edizioni Abril: dapprima pubblica la serie "Jungleman", quindi disegna, nel 1953, per il settimanale Misterix, il personaggio di "Sgt. Kirk" su sceneggiatura di Héctor Oesterheld che fonda, nel '57, la propria casa editrice "Frontera" lanciando le riviste Hora Cero e Frontera, sulle quali Hugo Pratt pubblica rispettivamente "Ernie Pike" e "Ticonderoga".
Contemporaneamente Hugo Pratt e Alberto Breccia tengono corsi di disegno presso la Esquela Panamericana de Arte, tra i loro allievi figurano Walter Fahrer e José Muñoz.
Quando qualche anno più tardi la scuola d'arte apre anche in Brasile, Pratt soggiorna per sei mesi a San Paolo.
Nell'epoca in cui si afferma il grafismo marcato di Pratt, ispirato dai netti contrasti fra i bianchi e i neri di Milton Caniff, inizia a scrivere da solo le sue storie.
Comincia con "Ann y Dan" (titolo attuale "Anna nella jungla") che esce in Argentina su Supertotem.

Dall'estate 1959 a quella del 1960 Hugo Pratt vive a Londra, dove produce, affiancato da sceneggiatori inglesi, alcuni racconti di guerra a fumetti per l'agenzia Fleetway Publication (apparsi nei numeri di War Picture Library), mentre continua a frequentare la Royal Academy of Watercolour.
Nel 1962 realizza, firmando anche la sceneggiatura, "Capitan Cormorant" e "Wheeling".
Il periodo di austerità economica in cui versa l'Argentina rendono difficoltoso anche il lavoro dei disegnatori di fumetti e Hugo Pratt decide di rientrare in Italia.

Dal '62 al '67 Pratt esegue per Il Corriere dei Piccoli i disegni per "Le avventure di Simbad" e "Le avventure di Ulisse" e, su sceneggiature di Mino Milani capo redattore del giornale, disegna "Billy James" (1962), "Le avventure di Fanfulla" (1967) e due adattamenti dai romanzi di Stevenson, "L'isola del tesoro" e "Il ragazzo rapito".
Nello stesso periodo collabora con Alberto Ongaro creando la serie "L'ombra".
Nel 1967 Hugo Pratt incontra Florenzo Ivaldi, un genovese appassionato di fumetti, con cui decide di lanciare un mensile per presentare al pubblico italiano oltre che la propria produzione argentina, i classici americani e le sue novità.
Nel primo numero della rivista intitolata "Sgt. Kirk", appaiono nove tavole di una nuova storia "Una ballata del mare salato" dove esordisce il personaggio di Corto Maltese.
Nel 1969, al V° Salone Internazionale di Lucca, Hugo Pratt conosce Georges Rieu, capo redattore del settimanale francese Pif che decide di pubblicarlo in Francia. Sul treno che da Genova lo porta a Parigi, Pratt decide, e sarà la svolta decisiva della sua carriera, di riutilizzare Corto.
Nell'aprile del '70, con l'episodio "Il segreto di Tristan Bantam", ricompare Corto Maltese.
Questa lunga pubblicazione in un giornale ad alta tiratura sarà la vera base di partenza per la carriera di Hugo Pratt che, a partire dal 1971, verrà considerato dagli specialisti del settore come uno dei più importanti autori del mondo.
Complessivamente la serie dedicata a Corto Maltese sarà di 29 storie.

Il successo di Corto Maltese in Francia, si propaga dapprima in Italia e poi in tanti altri paesi.
Hugo Pratt trova nella Francia degli anni Settanta, un clima molto stimolante, lascia così Genova e si stabilisce a Parigi continuando però a viaggiare per il mondo e diventando lui stesso un vero "personaggio", al punto che Alberto Ongaro lo rende l'eroe di uno dei suoi romanzi e Milo Manara lo trasforma nel protagonista della serie "H.P. e Giuseppe Bergman".
Anche le reti televisive nazionali di molti paesi e la stessa RAI, gli dedicano intere trasmissioni e reportage sui luoghi descritti nelle sue storie.
Oltre a Corto Maltese, Pratt realizza la serie "Gli scorpioni del deserto", nata nel 1969 sempre sulla rivista "Sgt. Kirk" e che continuerà a disegnare, creando 5 episodi, fino al 1994 con l'ultimo "Brise de mer".
Per l'editore Bonelli crea 4 storie per la serie "Un uomo un'avventura": "L'uomo del Sertão", "L'uomo della Somalia", "L'uomo dei Caraibi" e "L'uomo del Grande Nord", che nel 1991 diventa un film dal titolo "Jesuite Joe". Nel 1983 scrive per Manara "Tutto ricominciò con un'estate indiana" e nel 1991 "El Gaucho".
Nel 1984 nasce "Cato Zulù". Il 1988 è l'anno della pubblicazione di Mu, l'ultima avventura di Corto Maltese, sull'omonima rivista Rizzoli, il libro uscirà nel 1992. Anche l'Aeronautica Militare Italiana ha voluto rievocare il suo settantesimo anniversario dalla fondazione, attraverso la fantasia di Hugo Pratt.
"In un cielo lontano", del 1993, è una storia di volo ambientata nel mondo coloniale vissuto da Pratt nell'infanzia.

Nel 1994 fonda a Roma, con Patrizia Zanotti sua collaboratrice da anni e colorista, la casa editrice Lizard che attualmente edita tutta la sua opera.

Hugo Pratt non ha solo disegnato storie, ma le ha anche descritte nei suoi romanzi: "Le pulci penetranti", "Jesuit Joe", "Il romanzo di Kriss Kenton", "Vento di terre lontane" e "Avevo un appuntamento"; ha raccontato la sua vita, così ricca di storie e di avventure interessanti in vari libri-intervista come "Il desiderio di essere inutile", "All'ombra di Corto" e "Le memorie di Corto". Per Einaudi pubblica la riduzione in romanzo de "Una ballata del mare salato" e, uscita postuma, "Corte sconta detta arcana".

La fantasia di Hugo Pratt è riuscita a lasciare il suo inconfondibile segno anche nei campi più disparati del mondo pubblicitario: da una vettura di Formula 1 con i colori delle sigarette Gitanes agli zaini Invicta, dallo spot della Carpené Malvolti alle carte telefoniche francesi.
I suoi personaggi compaioni in vari manifesti cinematografici, sulle copertine dei dischi di cantanti come Paolo Conte, Sergio Endrigo, Kadja Nin, Lio e Sylvie Courvoiseur.
Mentre Hugo Pratt espone le sue opere in musei come il Grand Palais di Parigi e altre importanti sedi europee, Corto Maltese diventa il patrono di città come Concarneau o l'argomento di molte tesi di laurea.
Mentre il ministro della cultura francese Jack Lang nomina Pratt "Cavaliere delle arti e delle lettere" e Mitterand regala le storie di Corto al pilota Jacques Lafitte, l'America cinematografica cita Corto Maltese in film come "Batman" di Tim Burton e "Hannah e le sue sorelle" di Woody Allen.

All'inizio del 1995 Pratt disegna "Morgan", la sua ultima storia, un'avventura romantica nell'Italia della seconda Guerra Mondiale. Inizierà la storia "Uomini a sei zampe" commissionata dall'Agip ma resterà incompiuta.
Sempre nello stesso anno terminerà la terza parte di "Wheeling" e, per la prefazione del libro che riunisce l'intera saga iniziata nel 1962, realizzerà gli ultimi acquarelli dedicati agli indiani del Nord America.

Hugo Pratt ha vissuto dal 1983 in Svizzera, nella sua casa di Grandvaux sul lago di Losanna, dove muore il 20 agosto 1995.

Grazie a lui il mondo della cultura ufficiale ha cominciato a cambiare l'atteggiamento di distanza nei confronti del fumetto, molti si sono resi conto che anche la striscia può essere considerata una forma d'arte.
Umberto Eco ha affermato: "Quando ho voglia di rilassarmi leggo un saggio di Engels, se invece desidero impegnarmi leggo Corto Maltese."